关于注释之后怎么进行基本的筛选

因为最近很冷!不想码字,所以随便更新一点点

用annovar注释出来的文件。 我们可以放进excel里面看。 首先应该去关注一下clinvar有没有注释出致病(pathogenic)的位点。 但是!因为clinvar不是很准确,所以我们只能用来作为一个参考的标准。

第二步,筛选一下1000g_all的突变频率。一般以0.001也就是0.1%为准。 因为突变率太高的话,就说明这个突变在人群中是常见的,并不是罕见的变异,没有参考的价值。 同时,可以筛选EXac_eas的频率(表示东亚人),当然其他区域的人筛选其他的。

第三步,去除同义突变,我们要的是没有研究过的以及非同义突变。这样才有意义。

第四步,对剩下的进行与临床表型的匹配。这时候可以借助一些软件。 比如Exomiser。也可以用一些数据库帮助判断。比如国内的奇恩生物。

最后,筛选剩下大概五六个位点,可以去人工判断。 借助IGV直接去查看测序的相关区域。

得到最最准确的位点。 拿去一代验证。