用shell命令统计fastq的reads数

显然,fastq的明显特征有每个reads都是@开头,可以用这一点写个python脚本。 另外,也可以根据4行一个reads这一点来统计。

对于fastq文件:

echo $(cat xxx.fastq|wc -l)/4|bc

对于fastq.gz文件:

echo $(zcat xxx.fastq.gz|wc -l)/4|bc