新型冠状肺炎病毒

病毒正式定名为SARS-CoV-2，导致的疾病正式定名为COVID-19。

病毒定名为2019-nCoV。存个档，以备不时之需。

病毒基因组序列。

WHO的实验室检测方式。

病毒病预防控制所公布的qPCR引物探针如下：

** Target 1（ORF1ab）: **

　　正向引物（F）：CCCTGTGGGTTTTACACTTAA

　　反向引物（R）：ACGATTGTGCATCAGCTGA

　　荧光探针（P）：5’-FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1-3’

** Target 2（N）: **

　　正向引物（F）：GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT

　　反向引物（R）：CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG

　　荧光探针（P）：5’-FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-TAMRA-3’

香港大学公布的qPCR引物探针如下：

**Assay 1 (Target: ORF1b-nsp14)： **

Forward primer (HKU-ORF1b-nsp14F): 5’-TGGGGYTTTACRGGTAACCT-3’

Reverse primer (HKU- ORF1b-nsp14R): 5’-AACRCGCTTAACAAAGCACTC-3’

Probe (HKU-ORF1b-nsp141P): 5’-FAM-TAGTTGTGATGCWATCATGACTAG-TAMRA-3’

Assay 2 (Target: N) ：

Forward primer (HKU-NF): 5’-TAATCAGACAAGGAACTGATTA-3’

Reverse primer (HKU-NR): 5’-CGAAGGTGTGACTTCCATG-3’

Probe (HKU-NP): 5’-FAM-GCAAATTGTGCAATTTGCGG-TAMRA-3’

其他还有德国、泰国、日本等公布的引物与protocol。

CDC的报道

GISAID上也陆陆续续在更新病毒的基因组了。

生工的一段插入质粒用来做阳性质控的序列。

AGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGC
TTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGACCCTGTGGGTTTTACACTTAAAAACACAGTCTGTACCGTCTG
CGGTATGTGGAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACA
ATCGTTTTTACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCT
CTTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGGTAAA

新冠病毒信息库，可以下载到相关的基因组序列。