主页

连金鱼都能看懂的git简明教程!

Git是一个用来做版本控制的系统。好比说,你修改了文件之后,要记录下你改了啥。同时,git允许多人协作,你在这边改了,别人那里也能看到! github则是一个码农交友网站托管代码的网站,还可以偷偷当网盘用。看名字就知道这俩东西很有关系! 这是个简明教程!不会介绍很复杂的技巧(因为我也不会)! 话不多说! windows,先去把git下载装好了! 然后,也建议装上github desktop,还有自己去申请个github账户。 初次使用git,先设置一下本地的git账户! git config --global user.name 'yourname' git config --global user.email 'yourname@yourmail.com' 然后要让gi...

阅读更多

Chromas

Chromas是一款用来处理/查看 Sanger测序的下机数据(*.ab1文件)的软件。界面简单看起来舒服。 下面介绍使用方法: 打开软件,Open你想要查看的ab1文件。 比如,我打开的是rs1127354这个位点的Sanger测序下机数据。通过到NCBI搜索,可以得到这个位点的前后序列。 CTAGGAGATAAGTTT[C]CATGCACTTTGGTGG 复制后面的一段: CATGCACTTTGGTGG 然后在chromas中搜索 注意这里,最下面的85%是设定的相似程度,如果需求的是100% match,就选择match exactly。 找出来之后的结果。 可以看到,前后序列对应之后,我们要找的SNP位点,同时有蓝色和绿色两个峰,所以判读为杂合子:CA。 如...

阅读更多

SNPedia

SNPedia是一个我挺喜欢用来搜snp信息的网站,它聚合了很多其他数据库的内容,很好用! 主页: Snpedia 举个栗子: rs671是一个比较热门的位点,和酒精有关。 左边是一个梗概性的描述,然后下面是很多的参考文献(PMID)。右边是这个位点,不同的基因型下不同的临床表现。 右边可以看到SNPedia引用的地方很多!我比较关注的是pharmgkb和23andme。 然后滚滚滚到下面,右下角是一个clinvar的注释,clinvar也是一个很重要的数据库。 以上就是snpedia的一个简单的rsid页面。 SNPedia还有一些搜索方式,比如搜一个HLA的分型,例如在风湿病中经常检测的HLA-B*27。 不截图了,自己进去看吧!

阅读更多

什么是SNP

这是个非常简单又非常重要的东西,经常会遇到! 我记得我去面试的时候,就被问了这个问题:什么是SNP。 我:不知道! 然后就过了面试。 SNP全称是Single Nucleotide Polymorphisms(单核苷酸多态性)。按照我的理解,就是单个碱基的变异(转换、颠倒、缺失、插入)。 然后!每个SNP,都有相对应的‘rsid’,中文我们喊‘rs号’。rsid是NCBI给每个SNP的编号,别的数据库也有他们自己对于SNP的编号,不过因为NCBI是现在最常用的数据库,所以一般以rsid为准! 常用的查询SNP的地方:dbSNP 百科解释: 维基百科 百度百科

阅读更多

药物基因组学知识库PGKB

PharmGKB是一个把药物、SNP、基因联系起来的数据库。有很多常见的药物,但是比较偏门的会没有!不过其实一般来说已经够用。 点击PGKB进入! 这是PGKB的新版主页: 建议点右上角注册一个账号,因为有很多信息要登陆了才给看! 在搜索框,可以搜索_rsid_,基因名字,药物名字(英文名啦)。也可以同时搜索这些来缩小范围! 例如:搜一下阿司匹林。 可以看到,有clinical annotations和variant annotations。 在clinical annotations这里,level可以说是靠谱的等级,最高的是Level 1A,最低貌似是Level 4。然后后面需要是MOLECULE(药物),TYPE(类型),PHENOTYPE(致病类型)这些,点...

阅读更多

github建立博客!

事情是这样的,前几天,我想着利用github page建一个博客。由于零基础,我google了很多教程。但是!都不好用!因为他们都过时了!我发现,现在用github建博客非常简单!根本不像那些教程做的那么复杂!当然,如果你要很炫很折腾的那种,就去看那些教程。下面来说说我的教程。 第一步,因为是github博客,一个github账户是必须有的。点击github进去,注册一个账户。有了账户之后,点击如下位置,新建一个仓库(repository)。 第二步,按下面新建一个仓库,仓库名是username.github.io。注意username改成自己的名字! 第三步,安装github desktop,安装过程略,装好之后登录你的github账户,ctrl+shift+O,然后选择...

阅读更多

Hello world!

这是一篇测试文章,TEST,~test~ testing java test public class HelloWorld { public static void main(String[] args) { System.out.println('Hello World!'); } } python test print 'Hello World!'

阅读更多