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基因组组装

在工业的mNGS项目中，不一定会进行基因组组装。

常用软件有：

SPAdes 最新版v3.15.2(11 Mar 2021)

Velvet 最新版v1.2.10(5 Jul 2018)

MaSuRCA 最新版v4.0.1(22 Jan 2021)

Megahit 最新版v1.2.9(15 Oct 2019)

quast 用于评价组装结果。

SPAdes

使用SPAdes进行组装，一开始运行出错了，后来使用源码安装自己编译就好了。

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spades.py -k 21,33,55,77 \
    --meta \
    -1 removeHuman/SRR10903401_1.fastq.gz \
    -2 removeHuman/SRR10903401_2.fastq.gz \
    -o spades_result -t 8

Megahit

使用Megahit进行组装。

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megahit \
    -1 removeHuman/SRR10903401_1.fastq.gz \
    -2 removeHuman/SRR10903401_2.fastq.gz \
    -m 0.5 -t 8 -o megahit_result