探针设计软件catch

catch是broad研究所的一款用于设计捕获探针的软件。之前找过很多软件,感觉还是这个比较好用,操作简单而且可选功能也多。

catch软件需求python>=3.5;numpy>=1.15.2;scipy>=1.2.0。安装比较简单,先使用conda创建一个环境

conda create -n catch python=3.7

激活环境

conda activate catch

然后下载安装

git clone https://github.com/broadinstitute/catch.git
cd catch
pip install -e . --user

主要的使用程序

design.py --help

基本上最简的使用命令是

design.py xx.fasta -o xx.probes.fasta

默认的长度是100bp,可以使用其他参数进行调整。