药物基因组学知识库PGKB

PharmGKB是一个把药物、SNP、基因联系起来的数据库。有很多常见的药物,但是比较偏门的会没有!不过其实一般来说已经够用。

点击PGKB进入!

这是PGKB的新版主页: pgkb-home-page

建议点右上角注册一个账号,因为有很多信息要登陆了才给看!

在搜索框,可以搜索_rsid_,基因名字药物名字(英文名啦)。也可以同时搜索这些来缩小范围!

例如:搜一下阿司匹林。 pgkb-aspirin

可以看到,有clinical annotations和variant annotations。 aspirin-clinical 在clinical annotations这里,level可以说是靠谱的等级,最高的是Level 1A,最低貌似是Level 4。然后后面需要是MOLECULE(药物),TYPE(类型),PHENOTYPE(致病类型)这些,点击前面的READ NOW,可以看到详细的信息,可以找到的信息有这个基因型的人使用这种药会怎样怎样啊这种,还有就是人种信息,置信区间等等。另外还有PMID(一个小小的蓝色的PubMed+数字),点击就会转到NCBI上的参考文献哦。

其实PGKB在2017年8月份左右改版了一次!就目前而言,我感觉是旧版比较直观。 在旧版的时候,爬下了整个PGKB的药物基因位点信息!并且成功解析出了excel!新版的PGKB还得继续研究怎么爬。(20190517 更新:好久没用过PGKB了,现在好像可以直接下载数据,不用爬了)

旧的药物位点信息在这里:Clinical_PGx.xlsx基本就够用了,PGx_Research.xlsx是比较复杂的位点信息。

基本上PGKB的使用教程就是这样。当然,PGKB的功能也不止这些,还可以用来作注释,不过一般用不到。以后会介绍一个注释的软件。