只知道位点,怎么查询到rsid

很多时候,我们查资料,文献里只说了某基因,某位置,A>C(栗子)。那么,只知道这些信息,要怎么查询到rsid。

下面说一个方法。例如,现在已知的信息是TPMT基因,719 A>G。 要查到rsid。

第一步,上ncbi的variation-viewer。输入TPMT查询。 TPMT-search

然后在左边下面的选择栏里,选择source database选择dbSNP,因为我们就是要rsid。Has publications 选 yes。因为我们就是看到文章所以才来找的。 in-gene-region

然后点击edit columns,把alleles勾上。得到的结果,看alleles那一列。我们要关注的是A,G或者T,C这样的列。(因为我们知道719 A>G。所以A,G和T,C都是对的。正链和负链。)

点开一个的左边的三角形看看!正好是我们想找的位点!得到了rsid:rs1142345! get-rsid

事实上,gene viewer会把研究热门的SNP排在靠前的位置,这就是那么快就能找到的原因。