annovar可以说是最常用的注释软件了。可是官方的数据库更新很慢，所以，最好是自己更新。 学会了下面的操作，自建数据库用annovar注释也不是问题。
首先我们需要下载最新的clinvar数据库。 点击进入GRCh37版本的FTP地址。 我下载的是20180401的Clinvar。
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20180401.vcf.gz
gunzip clinvar_20180401.vcf.gz
解压后，用下面的python脚本进行解析。
a = open('clinvar_20180401.vcf', 'r')
b = open('hg19_clinvar_20180401.txt', 'w')
b.write('#chrom start end ref alt CLNSIG CLNDN\n')
for line in a:
if line.startswith('#'):
continue
else:
lines = line.split('\t')
chrom = lines[0]
start = lines[1]
ref = lines[3]
alt = lines[4]
end = str(int(start) + len(ref) - 1)
clinvar = lines[7]
clins = clinvar.split(';')
for i in clins:
if i.startswith('CLNDN'):
CLNDN = i.split('=')[1]
elif i.startswith('CLNSIG'):
CLNSIG = i.split('=')[1]
else:
continue
l = [chrom, start, end, ref, alt, CLNSIG, CLNDN]
s = '\t'.join(l) + '\n'
b.write(s)
b.close()
a.close()
然后就可以放进annovar的数据库中，注释的时候填入clinvar_20180401就可以了。 当然，这还不够快，接下来是建立索引文件。 这里有一个建立annovar索引的perl程序。 运行的姿势是
perl makeAnnovarIndex.pl hg19_clinvar_20180401.txt 1000
这样就会生成一个 hg19_clinvar_20180401.txt.idx 索引文件。