虽然已经2018年了,可是fastqc还是挺好用的。不过由于fastqc只能用来看看质量,在去接头或者剪接序列时还要用别的软件,有点麻烦。现在有了一个all in one的选择。
fastp是由海普洛斯开发的自动化质控+过滤+校正+预处理软件。
下载软件
非常简单粗暴。
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp
命令同样简单 对于单端数据
fastp -i in.fq -o out.fq
对于双端数据
fastp -i in1.fq -I in2.fq -o out1.fq -O out2.fq
另外,都是支持输入和输出fq.gz的。
更多的特性,需要自己去学习了
fastp -h
最后放上他们的输出结果:点这里。