质控、去接头、剪裁一体的软件fastp

虽然已经2018年了,可是fastqc还是挺好用的。不过由于fastqc只能用来看看质量,在去接头或者剪接序列时还要用别的软件,有点麻烦。现在有了一个all in one的选择。

fastp是由海普洛斯开发的自动化质控+过滤+校正+预处理软件。

下载软件

非常简单粗暴。

wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp

命令同样简单 对于单端数据

fastp -i in.fq -o out.fq

对于双端数据

fastp -i in1.fq -I in2.fq -o out1.fq -O out2.fq

另外,都是支持输入和输出fq.gz的。

更多的特性,需要自己去学习了

fastp -h

最后放上他们的输出结果:点这里