显然,fastq的明显特征有每个reads都是@开头,可以用这一点写个python脚本。 另外,也可以根据4行一个reads这一点来统计。
对于fastq文件:
echo $(cat xxx.fastq|wc -l)/4|bc
对于fastq.gz文件:
echo $(zcat xxx.fastq.gz|wc -l)/4|bc
显然,fastq的明显特征有每个reads都是@开头,可以用这一点写个python脚本。 另外,也可以根据4行一个reads这一点来统计。
对于fastq文件:
echo $(cat xxx.fastq|wc -l)/4|bc
对于fastq.gz文件:
echo $(zcat xxx.fastq.gz|wc -l)/4|bc