生物信息文件夹

DECoN的安装，检测外显子缺失

  • 2019年 05月21日

DECoN是一款可以检测panel外显子缺失的R语言软件，使用的时候也是遇到一些问题，不过总体上还是挺好用的。DECoN可以在github下载。

爬坑1

软件依赖很多R包，理论上已经可以打包下载下来了，可能需要先来一下这一步

sh setup.sh

但是这一步我运行过后没有什么效果，运行的时候该报错还是报错，所以，建议是，把IdentifyFailures.R、ReadInBams.R、makeCNVcalls.R这三个脚本的第一行注释掉。然后运行的时候提示缺少什么R包再去手动安装。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")
biocLite("IRanges")
biocLite("Rsamtools")
biocLite("GenomicRanges")
biocLite("GenomicAlignments")
install.packages("reshape")

这里列一些需要的，还有ggplot2这种应该大家都会有了的。

爬坑2

软件用的时候直接使用的是”Rscript xxx.R”，但是不同环境下Rscript的默认载入包可能有点不同，我在运行的时候遇到说没有R.utils这个包。解决的方法是，指定需要载入的包，就是加上这一行。

Rscript --default-packages=methods,datasets,utils,grDevices,graphics,stats

流程

软件的输入实际上需要的是若干个bam文件（需要有对比），两个bed文件（其实一个就行但是我觉得两个比较好），参考基因组。

读入

从原始数据得到bam文件之后，读入bam，注意文件夹里除了bam文件外还需要bai索引

Rscript --default-packages=methods,datasets,utils,grDevices,graphics,stats \
	ReadInBams.R --bams /path/to/bam-files/ \
	--bed hg19.BRCA.bed \
	--fasta hg19.fa \
	--out results

这里的bed文件有4列，分别是chromosome、start、end、gene，不能有标题。会生成一个results.Rdata。

质检

这一步应该是说过不了质检的就算有结果都不能相信（？）。

Rscript --default-packages=methods,datasets,utils,grDevices,graphics,stats \
	IdentifyFailures.R --Rdata results.Rdata \
	--mincorr 0.98 --mincov 100 --exons hg19.BRCA.exons.bed \
	--custom TRUE --out results.corr

这一步的bed文件又不一样，有5列，分别是Chr、Start、End、Gene、Custom.Exon，有标题。实际上就是可以自己定义哪个位置是哪个外显子。

最后就是检测

用的bed文件和质检用的一样，记得用了这种bed文件，custom要设置成true。

Rscript --default-packages=methods,datasets,utils,grDevices,graphics,stats \
	makeCNVcalls.R --Rdata results.Rdata --transProb 0.01 \
	--exons hg19.BRCA.exons.bed --custom TRUE --out results.CNV \
	--plot All --plotFolder DECoNPlots

结果

xxx_all.txt和xxx_custom.txt文件都是汇总结果，但是custom文件是有我们自己定义的外显子信息的，所以看这个就行了。

然后图的话，像这样，每个阳性结果都会有一张图。 decon

搜索