想使用命令行来操作IGV，然后输出截图。但是好像只有新版的igvtools能做到，由于igvtools依赖java 11，而服务器中java版本是java 8，为了避免影响环境变量因此放弃使用。
在找可使用的软件过程中，又想使用igvR这个包，然后又因为R版本问题装不上，最后发现了jvarkit里的一个工具bam2raster可以实现想要的效果。
软件安装
git clone "https://github.com/lindenb/jvarkit.git"
cd jvarkit
./gradlew bam2raster
最后bam2raster会安装在jvarkit/dist文件夹下。
使用
java -jar bam2raster.jar -o output.png -r 7:55249021-55249121 \
-R hg19.fa sample.bam --limit 50 --highlight 55249071
以上命令输出chr7:55249021-55249121这个位置，并且高亮55249071位点，只输出50行reads。bam文件必须建立index。
结果如下显示如下
