Pymol是被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构的软件。像AlphaFold2这种超级热门的蛋白质结构预测软件输出的pdb文件可以直接用pymol打开。
下面是安装开源版本的方式，开源版本与收费版本区别在于开源版本功能不完整、没有技术支持、帮助文档比较落后。
首先使用pip安装依赖的包
pip install numpy mkl pmw
然后在这里下载与自己python及系统版本对应的whl，再安装
python -V
# https://download.lfd.uci.edu/pythonlibs/archived/pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
由于我是python 3.11，因此我下载了上面这个版本。安装完成后，在CMD中使用
pymol
即可打开。
这里我使用AlphaFold2在线预测来对两段氨基酸序列进行预测后，均选择预测结果中rank1的pdb，使用pymol进行蛋白质比对。
将两个pdb（如pdb_1.pdb，pdb_2.pdb）都打开后，在pymol中点击A(lign)，将pdb_1和pdb_2进行比对，这时会出现黄色线段，黄线表示2个结构对应原子间的距离，黄线越多表示结构距离越大，同时log中也会显示这时的RMSD值。
