Chromas是一款用来处理/查看 Sanger测序的下机数据(*.ab1文件)的软件。界面简单看起来舒服。
下面介绍使用方法：
打开软件，Open你想要查看的ab1文件。
比如，我打开的是rs1127354这个位点的Sanger测序下机数据。通过到NCBI搜索，可以得到这个位点的前后序列。
CTAGGAGATAAGTTT[C]CATGCACTTTGGTGG
复制后面的一段：
CATGCACTTTGGTGG
然后在chromas中搜索
注意这里，最下面的85%是设定的相似程度，如果需求的是100% match，就选择match exactly。
找出来之后的结果。
可以看到，前后序列对应之后，我们要找的SNP位点，同时有蓝色和绿色两个峰，所以判读为杂合子：CA。
如果只有单个峰，则判读为纯合子。
有的根本找不到match的时候，请点击Reverse，得到反向互补链再搜索。还有纵向和横向各有一个滑块，是用来调整分辨率的。
当然，如果引物的质量不好，会造成结果的峰图很难看！这时候，有很多的杂峰并不能判读为杂合子！只有像例子这样的峰形好看质量好的图，才能判读为杂合子，这就是我们所说的杂合突变。质量不好，最好的解决方法是重新设计引物重新实验。如果强行要读，要综合考量前后的峰的起伏。