2018年的第一次更新。
mafft是一个用来做比对的软件。最近我在研究HLA的分型（用的一代）的时候想用来试试。 先看看官网。 可以看到目前的最新版本是7.313。
我装的是这个，linux版本的。 官网提供了按照的方法：
# 在root下
rpm -Uvh mafft-xxxxx-rpm
exit
# if necessary
rehash
装好之后可以用:
mafft -help
查看帮助文档。
最简单的使用方式就是：
mafft input > output
比如说我有一个HLA-C区的fasta文件，点这里下载。 然后运行下面这个就可以了。
mafft C_nuc.fasta > output.txt