生物信息文件夹

跟着做一个RNA-seq

  • 2018年 05月26日

参照的是这篇文章的流程： PMID:27560171

先下载安装需要的软件：

HISAT2

StringTie

Ballgown

gffcompare

#安装软件

# HISAT2
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip

# StringTie
wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64.tar.gz

# gffcompare
mkdir gffcompare
git clone https://github.com/gpertea/gclib
git clone https://github.com/gpertea/gffcompare
cd gffcompare
make release

# Ballgown
# 是R的一个包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ballgown")

可以使用ln命令，把所有的程序放入Bin文件夹下。如：

ln -s ~/Path/To/software/gffcompare/gffcompare ~/Path/To/Bin
export PATH=$PATH:~/Path/To/Bin
# 需要一劳永逸就去修改~目录下的.bashrc

#下载数据

下载这里的原始数据进行练习： ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol

使用sftp下载

sftp ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol
lpwd
pwd
get *

未完待续。。。

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