新建用于annovar的cosmic数据库

众所周知,annovar提供的cosmic数据库到v70就没了,原因是cosmic开始区分学术账户和商业账户,开始限制下载。

目前cosmic的最新版本是v85。 annovar还是提供了制作cosmic数据库的方法:

第一步,当然先去cosmic下载数据: Cosmic Download

前提是,你需要有一个拥有下载权限的账户。 annovar需要的是以下这4个文件:

CosmicCodingMuts.vcf.gz CosmicNonCodingVariants.vcf.gz CosmicMutantExport.tsv.gz CosmicNCV.tsv.gz

我下载了b37版本的,下载下来之后,先解压

gunzip *.gz

第二步,使用annovar提供的脚本:

prepare_annovar_user.pl

prepare_annovar_user.pl -dbtype cosmic \
	CosmicMutantExport.tsv \
	-vcf CosmicCodingMuts.vcf \
	> hg19_cosmic85_coding.txt

prepare_annovar_user.pl -dbtype cosmic \
	CosmicNCV.tsv \
	-vcf CosmicNonCodingVariants.vcf \
	> hg19_cosmic85_noncoding.txt