Qiime2是一个把关于扩增子分析的多种工具集合在一起的一个分析平台。 功能包括了数据处理，聚类OTU，α和β分析还有可视化等等等等。也就是一个all in one的工具。
能使用conda或者docker安装。由于我个人不太推荐conda，所以我使用docker安装。
# 下载，大概2.5GB
docker pull qiime2/core:2018.6
# 确认安装成功
docker run -t -i -v $(pwd):/data qiime2/core:2018.6 qiime2
# 启动，相当于把当前目录（pwd）挂载到/data
docker run --rm -v $(pwd):/data --name=qiime -it qiime2/core:2018.6
# 然后参照帮助文档使用就好了
qiime
qiime2的帮助文档写的非常详细，也提供了很多的测试数据进行实战指导。 也有非常多的流程，演示是怎么实现的。
然而，看下来我觉得真让人头大。qiime2提供了一个GUI界面。我觉得，可以用一下，毕竟软件的意义就是让人轻松干活。
安装GUI界面，windows上需要用到虚拟机virtualBox。去官网下载安装最新版就好了。
然后点击这里，复制最新的download url来下载最新的qiime2镜像。 下载好了解压。 然后打开virtual box，选择导入镜像。设置好参数，导入。
接下来就可以启动虚拟机，用户名和密码都是qiime2。
进去之后，打开终端。
# 首先进入qiime2环境，虽然好像本来就是在这环境里
source activate qiime2-2018.6
# 然后下载q2studio
wget -O "q2studio-2018.6.0.zip" "https://codeload.github.com/qiime2/q2studio/zip/2018.6.0"
unzip q2studio-2018.6.0.zip && rm q2studio-2018.6.0.zip
cd q2studio-2018.6.0
pip install .
# 装包的服务器偶尔会抽风，某些包装不上，下面这句再运行一下就好了
npm install && npm run build
# 最后，以后打开GUI界面，只需要进入这个文件夹，然后
npm start
安装好的界面，上面也说了，GUI界面只是一个测试版，并没有包括命令行的所有特性。