多序列比对

以前上课的时候，老师教我们用的是EMBL的在线的Clustal Omega，现在试试自己搭一套。

多序列比对的软件有Clustal Omega、Kalign、MAFFT、MUSCLE、T-coffee、PRANK等等。

软件

这里选择使用Clustal Omega，然后再用mview进行可视化。

Clustal Omega在页面上选择自己的版本下载就可以了，已经编译好，不需要自己编译。

wget http://www.clustal.org/omega/clustalo-1.2.4-Ubuntu-x86_64

mview需要下载源码后进行修改

wget https://github.com/desmid/mview/archive/v1.66.tar.gz
tar -zxvf v1.66.tar.gz

然后编辑把bin/mview这个文件，头部的

#!/usr/bin/env perl

改成自己的perl的位置，一般是

#!/usr/bin/perl

然后再下面的把

use lib "/home/brown/HOME/work/MView/dev/lib"

改成自己的/path/to/mview/lib的位置。

把需要比对的序列合并成一个fasta格式文件，这里找一个现成的，新冠病毒数据库的fasta。

先使用clustalo进行多序列比对

clustalo-1.2.4-Ubuntu-x86_64 -i all.fasta -o clustal.fasta --threads 16

然后使用mview进行可视化

mview -in fasta -html head -coloring any -css on clustal.fasta > clustal.mview.html