精准与规范同行，每次的NCCL室间质评，又到了卫健委教你写突变结果的时间。
SNV与INDEL
| Chr | Start | End | Ref | Alt | Gene | Type | Transcript | cHGVS | pHGVS | VAF% | Consequence | Affected_Exon |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7 | 55249071 | 55249071 | C | T | EGFR | SNV | NM_005228.5 | c.2369C>T | p.Thr790Met | 23.12 | Missense_substitution | 19/27 |
SNV类型中，start与end均要是参考基因组上的位置，两个值必须一致。Transcript要使用Clinvar最新版的转录本，必须包含版本号，即例子中的.5。cDNA突变与氨基酸突变均需要采用HGVS的规则，目前的几大注释软件中，annovar需要使用annotate_variation.pl加上-hgvs参数，而snpEff、VEP、Nirvana等均默认HGVS规则。而基因名则需要参考HGNC的基因名。由于Clinvar的文献里写了，Clinvar的转录本是参考RefSeqGene以及LRG的，因此我们可以从LRG、RefSeq以及HGNC中获得参考转录本的编号，形成一个转录本与基因的对照字典（排序分先后，LRG优先）。对于pHGVS应该还是可以缩写如p.T790M的。Affected Exon则是在当前转录本中的外显子排位以及外显子总数。
而对于SNV来说，Consequence有Synonymous_substitution（同义突变）、Missense_substitution（错义突变）、Nonsense_substitution（无义突变）。
| Chr | Start | End | Ref | Alt | Gene | Type | Transcript | cHGVS | pHGVS | VAF% | Consequence | Affected_Exon |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7 | 55242467 | 55242484 | AATTAAGAGAAGCAACAT | - | EGFR | Deletion | NM_005228.5 | c.2237_2254del18 | p.Glu746_Ser75 2delinsAla | 23.12 | Inframe_deletion | 19/27 |
对Deletion缺失类型来说，start与end必须完全与ref序列一致（使用”samtools faidx hg19.fa chr7:55242467-55242484”可获得AATTAAGAGAAGCAACAT），而alt为“-”。Deletion的Consequence有Inframe_deletion（框内删除）以及Frameshift_deletion（移码删除）。
| Chr | Start | End | Ref | Alt | Gene | Type | Transcript | cHGVS | pHGVS | VAF% | Consequence | Affected_Exon |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7 | 55249010 | - | - | GTT | EGFR | Insertion | NM_005228.5 | c.2308_2309insGTT | p.Asp770delinsGlyTyr | 23.12 | Inframe_insertion | 19/27 |
对Insertion插入类型来说，start是插入位置坐标，end与ref均是“-”。Insertion的Consequence有Inframe_insertion（框内插入）以及Frameshift_insertion（移码插入）。
| Chr | Start | End | Ref | Alt | Gene | Type | Transcript | cHGVS | pHGVS | VAF% | Consequence | Affected_Exon |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9 | 36923458 | 36923459 | GG | AT | PAX5 | Complex | NM_016734.3 | c.803_804delinsTA | p.Ala268Asp | 23.12 | Complex_mutation | 7/10 |
对于以上这种MNV来说，不能把点拆成多个SNV来写，类型是Complex。【另外，Consequence是Complex_mutation（复杂突变）】。以上表格是NCCL原文原例，实际上，这个例子是也和NCCL下文解析中描述相悖。原文大意：对于仅影响单个密码子的替换，只能选Nonsense_substitution、Missense_substitution、Synonymous_substitution三种；而在影响多密码子时才选Complex_mutation。因此上述例子其实应该是一个Missense_substitution。
突变类型除SNV、Insertion、Deletion外的，均写为Complex。Consequence除以上描述的情况以及Splice_Site_mutation（剪接点改变）外，记为Other。
另外，正链基因（以正链为模板转录，出现在重复序列上的突变根据转录本上的 3’rule 发生在 3’端，在基因组层面，也按照转录本 上 3’端书写，即突变发生在重复序列的右侧）；负链基因（以负链为模板转录，出现在重复序列上的突变根据转录本上的 3’rule，发生在 3’端，在基因组层面，也按照转录 本上 3’端书写，即突变发生在重复序列的左侧）。
SV
SV分为四种，倒位（Inversion）、易位(Translocation)、大片段插入/缺失（Insertion/Deletion）。其中大片段的插入和缺失是指大于 1kb 的片段。可以使用lumpy等软件进行检测。
| Chr | Breakpoint1 | Breakpoint2 | Type | VAF% | Gene1 | Gene2 | Annotation |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | 29432591 | 42530406 | Inversion | 10.25 | ALK | EML4 | EML4-ALK Fusion |
同一染色体例子如上表，即Inversion。Insertion 或 Deletion结果也按上表，但Gene1，Gene2相同，Annotation不写即可。
| Chr | Gene1 | Breakpoint1 | Type | Chr | Gene2 | Breakpoint2 | VAF% | Annotation |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | ALK | 29432591 | Translocation | 3 | TFG | 100455436 | 10.25 | ALK-TFG Fusion |
不同染色体例子如上表，即Translocation。
其实在我看来还不如都按照表2来写，Chr写同一个就好了，统一风格。
CNV
（这个在本次NCCL里没有，我脑补的）CNV就比较简单了，只有CNV gain和CNV loss两种。只需要写以下内容即可，建议使用cnvkit检测。
| Chr | Gene | Region | Type | VAF |
|---|---|---|---|---|
| 13 | FLT3 | Exon1-24 | CNV gain | 4 copy |