SMA分析初探

SMA（Spinal Muscular Atrophy）脊髓性肌萎缩症是一种常见神经肌肉疾病，在儿童期发病率仅次于DMD。致病基因在人群中携带率约为1:40~1:60。

主要需要分析SMN1基因exon7的缺失（大部分会合并exon8缺失），难点在于SMN1与SMN2基因高度同源，SMN2会影响SMN1的拷贝数分析，因此需要把SMN1与SMN2分开。

检测方法有MLPA、longPCR和巢式PCR，以及本次需探究的NGS方法。

比例位点

根据专家共识，建议用于区分SMN1与SMN2的位点是位于exon7的c.840C>T和位于exon8的c.*239G>A。

先来看看这两个点是怎么挑出来的。

hg19上SMN1是chr5:70220768-70248838，SMN2是chr5:69345350-69373418，使用samtools faidx将这两个区域提取出来，将其中一个作为reference，另外一个用wgsim模拟出数据，然后进行比对，就可以获得突变位点。

在exon8（NM_000344.3，即上面说的exon7）和exon9（NM_000344.3，即上面说的exon8）区域，找到4个差异位点：

Chrom	Pos	Ref	Alt	cHGVS	Exon	AF
chr5	70247773	C	T	c.840C>T	8/9	-
chr5	70247921	A	G	c.*3+100A>G	8/9	0.0015
chr5	70248036	A	G	c.*3+215A>G	8/9	0.0002
chr5	70248501	G	A	c.*239G>A	9/9	-

可见除c.840C>T、c.*239G>A外，其余两个位点在人群频率数据库中有记录，即突变可能会来自于SMN1本身，因此不能用来区分SMN1与SMN2。

然后到了算拷贝数的部分，参考这篇文献，分为下面几步：

1，比对；

2，统计SMN1、SMN2，每个外显子的深度；

3，分别计算上面的两个位点的C/T比例和G/A比例；

4，计算外显子的平均深度（(SMN1+SMN2)/2）；

5，计算n个样本的SMN拷贝数；

6，按照3的C/T和G/A比例获得SMN1和SMN2的exon7、exon8的拷贝数。