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Call SNP/Indel找变异

找变异基本上是重中之重了。有GATK4 best practice提供的复杂的方法，也有使用属于samtools全家桶的bcftools找变异的方法。这里将会介绍这两种方法。最终结果都是得到vcf文件。samtools这里有一篇介绍vcf格式的pdf。

使用GATK4进行call snp/indel

虽说是call snp，不过当然，也会call indel。 gatk1

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gatk HaplotypeCaller \
    -R Homo_sapiens_assembly38.fasta \
    -I B17NC.final.bam \
    -O B17NC.vcf.gz

另外，当输入是多样本时，其实gatk可以先输出GVCF文件，再将它们合并。

使用bcftools进行call snp/indel

bcftools的流程已经有一篇不错的教程，非常值得参考。bcf其实就是vcf的二进制格式，这里仍然输出我们更加熟悉的vcf。 bcftools mpileup会产生超级大的中间文件，所以这里建议用管道往后进行call snp。另外，Varscan这个工具也可以使用。

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bcftools mpileup -f Homo_sapiens_assembly38.fasta \
    B17NC.final.bam \
    | bcftools call -mv -O v \
    -o B17NC.vcf

使用freebayes进行call snp/indel

freebayes也是一款不错的软件。 

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freebayes -f Homo_sapiens_assembly38.fasta > B17NC.vcf