关于gatk4的一个事实！

笔记： 我刚刚才发现。。

gatk4内置了picard。

也就是说，根本就不用再单独装picard。

把picard命令的所有的picard直接换成gatk也可以跑通的。

目前根据gatk的best practise。

其实bwa+gatk就可以做一套完整的WXS的Variants Calling了。

当然，也许更多人喜欢用bwa+samtools+gatk。