下载ncbi的sra数据v2

以前也写过一篇关于SRA的文章，但是SRA现在更新的连妈都不认得了。所以我也更新一下。

首先还是下载sra工具。

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.4/sratoolkit.2.9.4-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.9.4-ubuntu64.tar.gz
cd sratoolkit.2.9.4-ubuntu64/bin

然后在NCBI SRA中搜索需要的数据。 例如，我搜索transgene，随便挑了一个DNA的数据，像这个：SRX5097736。

然后，点击右上角的Send to，选择File，在下拉页选择Runinfo，点击Create file。这时会下载下来一个excel表格，然后download_path栏就是下载地址啦。

此时复制下来，然后

wget https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra74/SRR/008088/SRR8282932

就可以下载下来了。

当然！使用SRA toolkit里的prefetch可能下的更快，不过有时会慢，都可以试试。

prefetch SRR8282932 -o /PATH/TO/DIR

就这样就能下载了

然后下载下来的文件，使用sra工具里的fastq-dump来解压。

fastq-dump --split-3 ./SRR8282932 --gzip

最好就是用绝对路径（至少是带上文件夹这样的路径），不然好像又会再下载一次。 然后paired end的数据就会分成两个fastq.gz啦。