samtools一直以来就是个对于生信很有用的软件，最近做转基因的项目，要疯狂的提取出各种类型的reads，使用samtools view的大F小f，用起来简直不能再爽快。
比方说，bwa比对完会有一些额外比对的reads，就差不多是一个reads除了pair的两条，还会出来第三条同样名字的reads，有时我们需要，有时多了会影响分析。这时用samtools除去
samtools view xxx.bam -F 2048 -bSh -o xxx.rm.bam
然后还有就是，我只想要能pair上的reads
samtools view xxx.bam -F 2060 -bSh -o xxx.pair.bam
这里使用的flag值，在之前也提到过，灵活使用flag值，对bam文件进行前处理，能省去后面很多的分析时间。
做转基因的时候，一般要筛选出SA这个tag，这时搭配管道用grep是一个非常好的选择。
samtools view trans.bam | grep "SA" > trans.SA.sam
然而，这个时候其实会缺了头信息，如果后续进行分析的程序需要头信息或者说索引文件，最后还是补上头信息，补上的方法也简单
samtools view trans.bam -h | grep "@SQ" > trans.header
cat trans.header trans.SA.sam > trans.SA.head.sam
再利用samtools转回bam文件省位置还有建索引就好了，排序最好在前面就做了
samtools view -bSh trans.SA.head.sam -@ 16 -o trans.SA.bam
samtools index trans.SA.bam
灵活的使用tag和flag这种信息，对于bam文件的初步筛选，大有用处！