最近做质控的时候，用了bedtools、samtools、gatk、alfred等软件来统计质量值，但是都没有bamdst的结果来的称心。
看名字应该是国人作品，谢谢这位大佬。
安装
直接走git clone途径或者下载下来解压。
git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git
cd bamdst
make
使用
我是用来做目标区域的捕获统计。需要的是比对后的bam文件，以及目标区域的bed文件。 使用的方式是：
bamdst -p region.bed -o ./output in.bam
需要注意的是，这个output文件夹需要自行创建，不然结果还是会直接输出在当前文件夹下。
最后能得到很多文件。我需要的是其中的region.tsv.gz。
本来也想着用这个软件来统计WGS的比对结果的，但是软件不支持那么大的区域，无法统计，按作者的说法，可能下个大版本才会支持。但是，软件已经好久没有更新了，所以还是需要自己想办法去做这一步。作者提供的思路是使用cytoBand来作为bed文件，我想着用bedtools makewindows来缩小一下每个区域的长度，但是最后进行统计的时候还是没有成功，所以目前抛弃了这个想法。
我想弄一个完整的教程博客，摒弃所有只言片语杂七杂八的东西。目前只有个思路，得研究研究是新建一个github账户来放静态网页还是当前这个静态博客改个版。以我的惰性来讲，这估计是一个很长的流程了。