赛默飞会公布一些panel的bed文件,可以比较容易获取。
肺癌。 Oncomine_Lung_cfDNA.Hotspots.bed
结直肠癌的bed文件。 Oncomine_Colon_cfDNA.Hotspots.zip
泛癌的bed文件,这是一个52基因的panel,实际上应该还不能满足TMB的计算。 Oncomine_PANCAN_cfNA_v5.Hotspots.bed
对于几百个基因的大panel,还是能找到相关的基因列表的。 ion-ampliseq-cancer-panel-gene-list.pdf
血液肿瘤的panel。 oncomine-myeloid-research-assay-flyer.pdf
乳腺癌体细胞突变的bed。 Oncomine_Breast_cfDNA_v2.08212017.Hotspots.bed
illumina相对较少公布位点。
肺癌结直肠癌。 ColonLungV2.dna_manifest.20171207.zip
gene_list_trusight_oncology_500.xlsx
血液肿瘤。 datasheet-trusight-myeloid.pdf
HLA。 trusight-hla-v2-data-sheet-070-2016-002.pdf
其他的一些。想起来再补充。
Qiagen的甲状腺癌panel。 smh-028aa