TMB笔记

肿瘤突变负荷(Tumor Mutational Burden,TMB)为肿瘤基因组区域中每兆碱基(Megabase,Mb)发生的碱基替换突变 和插入缺失突变的数量总和,单位为 muts/Mb。

关于TMB杂七杂八的东西 ,过几天再梳理一下。

TMB 国家参考品

中国食品药品检定研究院

TMB_1

PMID32217756PMID34606929

肿瘤NGS大panel|肿瘤大panel检测的标准化及研究进展

中检院: 关于发布《组织肿瘤突变负荷(TMB)检测试剂(高通量测序法)技术评价指南》的公告

Driver Gene参考

参与以上项目的部分公司的专利文书

一种肿瘤突变负荷标准品及其制备方法和试剂盒-菁良基因-CN111118167A

基于高通量靶向测序分析肿瘤突变负荷的方法-燃石医学-CN110343748A

一种基于单样本的肿瘤突变负荷检测方法和装置-吉因加-CN111321140A

用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置-裕策生物-CN109022553A

注释结果转maf

VEP注释结果使用vcf2maf

annovar注释结果

snpeff注释结果

MC3

GDC MC3

过滤

全外显子建议过滤热点和驱动突变,Panel检测建议保留无义突变、indel、热点、驱动基因突变;过滤沉默突变。

maftools

R安装maftools

if (!require("BiocManager"))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("maftools")