一般的，做完rna-seq的比对部分，就需要找出每个基因或者转录本的counts/RPKM/FPKM值。

强推这篇文章，非常详尽，各种图例，眼花缭乱。

用clusterProfiler已经能出很好的图了。但是有时需要满足别的需求。

这个算是对上次ChIP-seq流程的一个补充。

这一篇文章将会说一下ChIP-seq的基本流程，以及我自己的一些理解（不一定是对的！），主要参考的是[生信技能树](http://www.biotrainee.com/)jimmy的[教程](http://www.bio-info-trainee.com/1731.html)。