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在使用pandas对数据表df进行操作时，由于对表进行了筛选过滤，但并没有去生成新表，容易触发pandas的SettingWithCopyError。 有人会设置warning把这个警告直接屏蔽掉，但是这个实际是个错误【ERROR】。 虽然表现和警告⚠️一样，流程能运行，但是实际上结果是错误的，因为原始表并没有发生改变（相当于只是在excel表里做了筛选，但是没有把筛选过滤掉的结果drop掉，没有形成新表）。 因此，这个警告实际是个错误，会导致最后输出的结果实际上是没被处理的！ 一般来说，使用loc来索引，将值改变能避免这个问题 df.loc[:, "col"] = "xxx" 然而，SettingWithCopyError并不会告诉你发生问题的位置，当代码又臭又长之后，定...

注：此篇文章介绍2024年卫健委肿瘤生信室间质评的分析方案，纯手工敲命令，未建立流程（意味着用相同版本的相同软件和相同命令能获得相同的结果哦）。 使用Illumina平台的数据作为例子。 检测要求： 1，检测出测序 Panel 中包含的所有体细胞突变(somatic mutation)； 2，Illumina 测序文件：需对突变频率VAF≥1%且原始数据测序深度(Read depth)>500X的位 点进行回报。 叠甲： 此篇文章在2024年7月18日发布，2024年7月17日 质评已截止回报。 数据处理 先对202411以及2024NC两个样本均使用相同的方案获得bam文件，以202411为例。使用更新的软件理论可获得更准确的效果或者更佳的效率，但是环境里有啥就用啥了...

ChinaMAP ChinaMAP（China Metabolic Analytics）中国代谢解析计划，对10588个来自不同民族的中国人样本，进行了40X的WGS。 人群区分如下： 人群分类 样本数目 西北汉族 650 北方汉族 1138 东部汉族 3537 中部汉族 1066 东南汉族 954 南方汉族 749 岭南汉族 ...

使用gencode的人类GFF制作一个基于Mane Select转录本（Refseq版本）的外显子Bed文件。 首先下载gff文件。是的，还是使用的GRCh37。 wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_46/GRCh37_mapping/gencode.v46lift37.annotation.gff3.gz 然后把mane select和exon部分提取出来 zcat gencode.v46lift37.annotation.gff3.gz | grep "MANE_Select" | grep "ID=exon" > grch37.mane.exon.gff3 ...

买了一个小米云台摄像机2，在买之前问了客服是能自动将录像储存到局域网下开启了smb的nas里的。 这样可以完成我的两个需求： 1，摄像机接入米家，可随时查看； 2，至少保存1个月的录像到nas，可以追溯。 在米家中完成设置之后，发现会在选择的储存目录下创捷一个这样的结构 . └── xiaomi_camera_videos └── 78xx7x0axxxd ├── 2024052711 ├── 2024052710 ├── 2024052709 └── 2024052708 └── 58M28S_1716778708.mp4 这里的 78xx7x0axxxd 是摄像机设备的mac地址，然后在这个路径下面的日期命名目录，每个文件夹存着一个小时的录像文...

我想修改singularity的镜像sif文件中的一个脚本，然后形成新的镜像sif。问了下GPT，可以使用下面的操作。 构建沙盒 首先，需要从现有的.sif文件中提取内容。可以使用Singularity的singularity build命令来将.sif文件转换成可修改的目录或Sandbox。 singularity build --sandbox /path/to/sandbox old.sif 修改代码 进入到沙盒中，按需修改代码及文件。 cd /path/to/sandbox vi script.sh 测试沙盒 可以通过shell进入沙盒进行测试，和进入sif是一样的 singularity shell --writable /path/to/sandbox...

评估一套WES分析流程检测的准确率(Benchmark)，一般会与NA12878的基准结果进行对比。即先把NA12878的标准检出vcf，与自己分析流程获得的vcf，使用同样的bed先限制区域获得结果。 然后以NA12878.target.vcf的结果作为标准，与NA12878的交集即真阳性位点、NA12878中没有的检出即假阳性位点、NA12878有但自己的vcf没有的检出即假阴性位点。 那么，首先需要找到NA12878的标准检出结果vcf。 Genome in a Bottle (GIAB)项目 GIAB项目是由美帝国家标准与技术研究院（NIST）领导的，专门提供高质量的基因组参考标准。可以在其官方网站上找到NA12878的基准数据。也有用NA24149的，还有中国人群家系[...

运行Cromwell所需的配置文件，影响了WDL流程语言的使用。这里是一个适配LSF集群的配置，同时适配了singularity容器，当在WDL的runtime模块中指定sif文件，即可调用对应的镜像，同时建立了一个环境变量用于将路径映射到容器中。 在配置文件中的backend部分进行修改 backend { default = "LSF" providers { LSF { actor-factory = "cromwell.backend.impl.sfs.config.ConfigBackendLifecycleActorFactory" config { runtime-attributes = """ ...