在搭建好WDL流程，以及使用[Cromwell](https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/)来运行之后，理所当然的，就会想用GUI界面来替代命令行。现在比较有名的开源生信GUI是[Galaxy](https://galaxyproject.org/)，但是并不支持WDL和Cromwell。

经历Snakemake与WDL之间的反复横跳之后，我还是决定学习WDL。主要学习路线是WDL的语法以及Cromwell的使用。

最近学习了一下[Docker](https://www.docker.com/)、[WDL](https://openwdl.org/)以及[Snakemake](https://snakemake.github.io/)。目前来说，使用Docker将每个流程/软件进行封装应该是生信的主要趋势。现在的想法是将流程都封装到Docker，然后使用WDL或者Snakemake来作为胶水语言串起来。

LOH

现在的肿瘤方向分析流程我用的是