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最近在网上冲浪时（🚽玩📱），发现很多人说抛弃垃圾conda，不要再用龟速pip，改用uv。总得来说，uv的优势的速度极快，劣势是成熟度和生态还不如pip和conda。 下面的测试均在windows中进行。 安装 最简单的安装方式是使用pip安装（🤣）。当然，还有其他的安装方法，但是咱们怎么简单怎么来。 pip install uv 包管理 uv 支持大部分的pip命令，只要在原本的pip命令前加上uv就可以了。 比方说，安装一个包 uv pip install <package> 也能通过requirements.txt安装 uv pip install -r requirements.txt 卸载包 uv pip uninstall <packa...

数据库 错义突变Z评分表示对于给定基因，观察到的错义突变（单个氨基酸取代）的预期数量的偏差，其中正值表示错义突变缺失，负值表示错义突变富集。 需要将这个内容注释到结果表中中，首先从UCSC下载该数据库。 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/gnomAD/pLI/missenseByTranscript.v4.1.bb 这个数据库提供了转录本水平的Z-scores，依据的GnomAD版本是v4.1。 也可以下载基因水平的Z-scores，但依据的GnomAD版本是v2.1.1，相对较旧。 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/gnomAD/pLI/missens...

AI发展真的很快，一年多的时间，Stable Diffusion的热度已被FLUX打了下去。尝试一下现在的破电脑（RTX 2070，8G VRAM，16G RAM）能不能本地部署，感觉有点悬。不过可以找大佬优化了的模型进行部署。 安装Forge 首先安装Forge这是Stable-Diffusion-webui的分支版本，支持FLUX的使用。 下载目前的最新版本，然后解压到合适的路径。 然后需要运行一次 update.bat进行初始化，升级和下载相关的依赖库。 然后就可以运行run.bat打开webui了。 部署FLUX 查了点资料，8GB 的显存可用的模型版本有NF4、GGUF、FP8等。因为我的显卡是20系，无法使用NF4，可以使用FP8，最后综合考虑使用GGUF。 ...

日常工作中，会有从docx文件或者pdf文件中提取信息的需求。一般的，在提取docx时，我是用的是python-docx库；而提取pdf时，使用的是PyPDF2。 新的工具Docling，号称可以支持读取多种流行的文档格式（PDF、DOCX、PPTX、图像、HTML、AsciiDoc、Markdown），并支持导出为Markdown和JSON格式。还支持OCR识别扫描件的pdf（需额外安装EasyOCR等OCR引擎）。 Docling的安装 pip install docling docx提取 import json from docling.document_converter import DocumentConverter source = "test.docx" ...

肿瘤的变异检测一般用到Mutect2，但Mutect2对MNV的检出支持并不好，而EGFR基因的19del突变是经常有MNV的情况出现，这种19del通常被拆分为一段del和一个SNV，一般会用transvar、mutalyzer来人工重注释，显然会引起解读同事的不满(￣ヘ￣)。 WhatsHap WhatsHap是一款单倍型组装软件，通过输入reference.fa、bam和vcf可以评估单倍型，然后给vcf补充上一个PStag来记录评估的结果。 whatshap phase \ --indels \ --reference ref.fa \ -o sample.phase.vcf \ sample.vcf \ sample.bam bgzip sample.phas...

国庆节基本折腾好中年男人三件宝之一的NAS了。首先思考一下本身的需求，基本是储存照片和电影，还有就是作为家中的文件共享中心。因此，否决前期考虑的All In Bomb软路由一体机方案，科学的事情让需要科学的设备自己做。目前家里的网络环境有动态公网IPV6，没有IPV4。 硬件设备是绿联DX4600，升级到UGOS Pro后，自带的影音软件体验尚可，相册则是一坨💩。 为了规避一些麻烦，前期进行了以下措施进行叠甲： 1，买了一个腾讯云的小服务器（28元一年买不了上当），买了一个域名绑定这个云服务器中并且完成了备案； 2，将域名托管到赛博活佛Cloudflare，配置好了WAF策略避免攻击； 3，使用二级域名来DNS解析AAAA到NAS的IPV6中，仅HTTPS可访问，并且开启小黄...

进行WES时，需要将样本性别作为一个质控参数，因此要对数据进行性别预测。注意，任何方法的准确率都不能达到100%。 通过CNV方式预测 cnvkit中包含了性别预测的方式，具体是与基线进行比较获得cnr文件后，对cnr文件使用 cnvkit.py sex sample.cnr -o output.txt 可在进行CNV检测时同步进行。 通过SRY基因 这个应该是最简单的，直接统计比对到SRY基因区域的reads数，根据reads数的数目来预测性别。前期先对若干数量的已知性别样本进行统计，就大概可以获得一个判定的阈值。 Chrom Start End Name Y...

开始柴米油盐，需要抠抠搜搜！居民用电是默认阶梯电价的，需要转换到峰谷电价需要申请，让电网来更换峰谷电表。 查了下自己的用电量，当我只保留冰箱、净水机、NAS、各种待机设备时，每天大概耗电3.5 kWh（保留设备都正常在线，然后出门溜达一天算出来的。妈啊怎么这么多）。正常的话，每天大概用电10 kWh（也不知道正不正常）。 以一个月30天计算（当然，周末的用电曲线是不同的，但是影响不会太大），我每月用电量大概是300 kWh。再经过研究自己的作息，发现我在10-12,14-19这个用电高峰根本就不在家！现在可以算一下究竟是阶梯电价划算还是峰谷电价划算了。 阶梯计费 以南方电网 - 广州的电价为例（注意时效，夏天和非夏天电价不同）。 档位 ...