想使用命令行来操作IGV，然后输出截图。但是好像只有新版的[igvtools](https://software.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline)能做到，由于igvtools依赖java 11，而服务器中java版本是java 8，为了避免影响环境变量因此放弃使用。

这里以稀释曲线的方式求香农指数。可以查看结果是否到达平台期来判断香农指数是否达到最大。

这里是Observed species 稀释曲线的获得方法。它是利用已测得16S rDNA序列中已知的各种OTU的相对比例，来计算抽取n个（n小于测得reads序列总数）reads时出现OTU数量的期望值，然后根据一组n值（一般为一组小于总序列数的等差数列）与其相对应的OTU数量的期望值做出曲线来。

WEKA

以前上课的时候，老师教我们用的是EMBL的在线的[Clustal Omega](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)，现在试试自己搭一套。