使用bam2raster输出类似IGV的截图
想使用命令行来操作IGV,然后输出截图。但是好像只有新版的[igvtools](https://software.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline)能做到,由于igvtools依赖java 11,而服务器中java版本是java 8,为了避免影响环境变量因此放弃使用。
从OTU矩阵到Observed_species稀释曲线
这里是Observed species 稀释曲线的获得方法。它是利用已测得16S rDNA序列中已知的各种OTU的相对比例,来计算抽取n个(n小于测得reads序列总数)reads时出现OTU数量的期望值,然后根据一组n值(一般为一组小于总序列数的等差数列)与其相对应的OTU数量的期望值做出曲线来。