Weka是由新西兰怀卡托大学用Java开发的数据挖掘软件，Weka是Waikato Environment for Knowledge Analysis的缩写。Weka限制在GNU通用官方证书的条件下发布，它可以运行在包括Linux、Windows、OS X等操作系统平台上。

分析SV的软件，被多次提到的有[crest](https://github.com/youngmook/CREST)、[breakdancer](https://github.com/genome/breakdancer)、[lumpy](https://github.com/arq5x/lumpy-sv)。

试用了几个分析CNV的软件。

之前做HBV的分型的时候，发现ncbi有这个分型的工具，[genotyping tool](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/help.html)。原理是使用blast将query序列与设定好的blast库进行blast获得最相似的序列。

bam文件里面会存在soft clipped 和 hard clipped等结果，有时我们只需要完美匹配结果，可以对bam文件进行处理。（当然，也可以在比对时就设定相关参数，比如bowtie2的end-to-end）