评估WES流程SNP/INDEL检测准确率
评估一套WES分析流程检测的准确率(Benchmark),一般会与NA12878的基准结果进行对比。即先把NA12878的标准检出vcf,与自己分析流程获得的vcf,使用同样的bed先限制区域获得结果。
适配于LSF集群的WDL配置
运行Cromwell所需的配置文件,影响了WDL流程语言的使用。这里是一个适配LSF集群的配置,同时适配了singularity容器,当在WDL的runtime模块中指定sif文件,即可调用对应的镜像,同时建立了一个环境变量用于将路径映射到容器中。