探针设计软件mrbait

以前曾经用过另外一款软件[catch](https://pzweuj.github.io/2019/11/12/catch.html),但是catch是倾向于设计病毒或细菌探针的,发现了另外一款软件,[mrbait](https://mrbait.readthedocs.io/en/latest/),可以用来设计常规探针。

才发现bedtools intersect -v是这样的

使用bedtools intersect -v 找B.bed未覆盖A.bed的位置。输出结果里面,理论上A的总长度应该等于B的总长度加上新生成的C的总长度,由于结果总是不对,去官方文档看了一下,发现原来-v参数不能做到我想要的操作。

使用bam2raster输出类似IGV的截图

想使用命令行来操作IGV,然后输出截图。但是好像只有新版的[igvtools](https://software.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline)能做到,由于igvtools依赖java 11,而服务器中java版本是java 8,为了避免影响环境变量因此放弃使用。